Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu là toàn bộ các việc người khai và cơ quan hải quan phải làm để một lô hàng được phép rời khỏi hoặc đưa vào lãnh thổ Việt Nam. Với hàng thông thường, quy trình gồm 5 bước và mất từ vài giờ tới vài ngày, tuỳ mức độ kiểm tra mà hệ thống xác định cho lô hàng đó.
Bài viết Blue Sea chia sẻ dưới đây gồm hồ sơ hải quan gồm những chứng từ nào, quy trình 5 bước cho hàng xuất và 5 bước cho hàng nhập, địa điểm được phép làm thủ tục cùng 12 nhóm hàng bắt buộc làm tại cửa khẩu nhập từ 14/8/2026, cách tính thuế và thời gian thông quan thực tế, và tám sai lầm khiến hàng bị giữ. Cuối bài là bản đồ các bài chuyên sâu theo từng nghiệp vụ.
Thủ tục hải quan là gì? và ai phải làm
Thủ tục hải quan là trình tự khai báo và kiểm tra do pháp luật quy định, để cơ quan hải quan xác định lô hàng có đủ điều kiện xuất khẩu hoặc nhập khẩu, phải nộp bao nhiêu thuế, và có thuộc diện quản lý chuyên ngành hay không. Mọi hàng hoá qua biên giới đều phải làm, kể cả hàng phi mậu dịch và hàng mẫu.
Người khai hải quan là chủ hàng, người được chủ hàng uỷ quyền, hoặc đại lý làm thủ tục hải quan. Dù thuê ai làm, trách nhiệm pháp lý về nội dung khai vẫn thuộc về chủ hàng, đây là điểm doanh nghiệp mới hay hiểu sai khi giao trọn hồ sơ cho đơn vị dịch vụ rồi không kiểm lại.
Khung pháp lý được áp dụng gồm Luật Hải quan 2014, Nghị định 08/2015/NĐ-CP đã được sửa đổi bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ 15/8/2025, cùng Thông tư 38/2015/TT-BTC sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC. Luật Hải quan đã được sửa đổi năm 2026 và bản sửa đổi có hiệu lực từ 01/3/2027, nên nội dung dưới đây là quy định đang áp dụng tại thời điểm cập nhật bài.
Bộ hồ sơ thủ tục hải quan xuất nhập khẩu gồm những gì?
Bộ hồ sơ hải quan gồm tờ khai cùng các chứng từ chứng minh nội dung đã khai. Với lô hàng thông thường, bốn chứng từ đầu trong bảng dưới là bắt buộc các chứng từ còn lại chỉ cần khi hàng thuộc diện tương ứng.
| Chứng từ | Bắt buộc | Vai trò trong hồ sơ |
| Tờ khai hải quan | Luôn | Bản kê khai chính, do người khai tự lập trên hệ thống |
| Hoá đơn thương mại | Luôn | Căn cứ xác định trị giá tính thuế |
| Vận đơn Bill of Lading hoặc vận đơn hàng không | Luôn với hàng nhập | Chứng minh hàng đã lên phương tiện và ai có quyền nhận |
| Phiếu đóng gói | Gần như luôn | Đối chiếu số lượng, số kiện, trọng lượng |
| Hợp đồng mua bán | Khi được yêu cầu | Chứng minh bản chất giao dịch và điều kiện giao hàng |
| Giấy chứng nhận xuất xứ | Khi xin ưu đãi thuế theo hiệp định | Không có thì mất ưu đãi, chứ không phải bị bác lô hàng |
| Giấy phép hoặc chứng từ kiểm tra chuyên ngành | Khi hàng thuộc diện quản lý | Thiếu là hàng không thông quan được, dù thuế đã nộp đủ |
| Catalogue, tài liệu kỹ thuật | Khi cơ quan hải quan cần xác định mã hàng | Càng chi tiết càng ít bị tham vấn |
Chỗ hồ sơ hay hỏng nhất không phải thiếu chứng từ, mà là các chứng từ không khớp nhau: tên hàng trên hoá đơn khác trên vận đơn, số kiện trên phiếu đóng gói khác thực tế. Danh sách chuẩn bị theo từng loại lô hàng nằm ở bài chứng từ xuất khẩu và checklist nhập khẩu.
Quy trình thủ tục hải quan xuất khẩu
thủ tục hải quan hàng xuất khẩu đi qua năm bước, từ lúc kiểm tra chính sách mặt hàng tới lúc hồ sơ được lưu. Mốc thời gian quyết định là thời điểm phương tiện vận tải xuất cảnh, tờ khai phải nộp chậm nhất 4 giờ trước mốc đó, và chậm nhất 2 giờ nếu hàng gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh.
Bước 1: Kiểm tra chính sách mặt hàng và chính sách thuế
Trước khi làm bất cứ giấy tờ nào, phải biết mặt hàng có bị cấm xuất khẩu, có cần giấy phép, và có phải chịu thuế xuất khẩu hay không.
Việc này làm từ mã HS của hàng, tra cứu: thuế suất xuất khẩu, yêu cầu giấy phép, và yêu cầu kiểm tra chuyên ngành.
Phần lớn hàng hoá Việt Nam có thuế suất xuất khẩu 0%, nhưng tài nguyên, khoáng sản và một số nhóm chế biến thô thì có thuế. Nguyên tắc áp mã hàng nằm ở bài mã HS là gì.
Bước 2: Chuẩn bị bộ chứng từ xuất khẩu
Bộ chứng từ xuất khẩu tối thiểu gồm hoá đơn thương mại, phiếu đóng gói, hợp đồng, và booking với hãng vận chuyển.
Nếu người mua cần giấy chứng nhận xuất xứ để hưởng ưu đãi thuế ở nước nhập, phải xin ngay ở bước này, vì thủ tục cấp mất thêm thời gian và không xin lùi được sau khi hàng đã đi.
Điều kiện giao hàng ghi trong hợp đồng quyết định ai chịu chi phí nào và ai làm thủ tục ở đầu nào. nội dung này nằm ở bài Incoterms 2020.
Bước 3: Khai và truyền tờ khai hải quan điện tử
Tờ khai được lập và truyền qua hệ thống thông quan tự động của cơ quan hải quan, dùng chữ ký số của doanh nghiệp. Hệ thống trả về số tờ khai và kết quả phân loại mức kiểm tra ngay sau khi tiếp nhận, thường trong vài phút.
Nội dung khai gồm mã loại hình, mã HS, trị giá, xuất xứ và số lượng. Chi tiết từng chỉ tiêu và những chỗ dễ khai sai nằm ở bài tờ khai hải quan. Thao tác khai trên phần mềm, điều kiện chữ ký số và các lỗi phát sinh khi truyền dữ liệu là nội dung riêng của bài về khai báo hải quan điện tử.
Bước 4: Nhận kết quả phân luồng và hoàn tất kiểm tra
Hệ thống phân lô hàng vào một trong ba mức kiểm tra: luồng xanh được thông quan ngay, luồng vàng phải kiểm tra hồ sơ, luồng đỏ phải kiểm tra thực tế hàng hoá. Mức nào là do lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp, loại hàng và mức độ rủi ro của chính lô hàng quyết định. Cách nhận biết và cách giảm tỉ lệ bị kiểm tra nằm ở bài phân luồng hải quan.
Nếu hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành, việc đăng ký với cơ quan chuyên ngành phải làm song song với việc truyền tờ khai, không phải chờ có kết quả phân luồng mới làm. Đăng ký muộn là nguyên nhân phổ biến khiến hàng nằm chờ dù tờ khai đã sạch.
Bước 5: Thông quan, thanh lý và lưu hồ sơ
Sau khi hoàn tất kiểm tra, tờ khai được thông quan và hàng được đưa vào khu vực giám sát hải quan để xếp lên phương tiện. Bước cuối là thanh lý tờ khai với cơ quan giám sát tại cửa khẩu.
Nhiều người tưởng thông quan là xong. Thực tế nghĩa vụ chưa hết: hồ sơ của lô hàng phải được lưu giữ, và lô hàng vẫn có thể bị kiểm tra sau thông quan trong nhiều năm sau đó. Hồ sơ lưu không đủ thì đến lúc bị hậu kiểm, doanh nghiệp không có căn cứ nào để giải trình.
Quy trình thủ tục hải quan nhập khẩu
Hàng nhập khẩu cũng đi qua năm bước, nhưng thứ tự ưu tiên khác hàng xuất: việc nặng nhất nằm ở đầu quy trình, khi phải xác định mã HS và chính sách quản lý. Tờ khai nhập được nộp trước ngày hàng đến cửa khẩu, hoặc trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hàng đến cửa khẩu.
Bước 1: Xác định mã HS và chính sách quản lý hàng hoá
Với hàng nhập khẩu, mã HS quyết định ba thứ cùng lúc: thuế suất nhập khẩu, hàng có cần giấy phép hay không, và hàng có phải kiểm tra chuyên ngành hay không. Sai mã HS ở bước này làm sai toàn bộ các bước sau, kể cả số thuế đã nộp.
Việc phải làm là đối chiếu mô tả hàng thực tế với chú giải chương và nhóm trong biểu thuế, không chỉ dựa vào tên hàng ghi trên hoá đơn của người bán. Với hàng nhập lần đầu, nên có catalogue và tài liệu kỹ thuật sẵn để đối chiếu và để giải trình nếu bị tham vấn.
Bước 2: Lấy lệnh giao hàng và chuẩn bị chứng từ
Khi hàng đến, hãng vận chuyển hoặc đại lý gửi thông báo hàng đến. Doanh nghiệp mang vận đơn gốc hoặc giấy uỷ quyền tới lấy lệnh giao hàng, đồng thời nộp các khoản phí của hãng.
Song song, bộ chứng từ nhập khẩu được hoàn thiện: hoá đơn thương mại, vận đơn, phiếu đóng gói, và giấy chứng nhận xuất xứ nếu xin ưu đãi thuế theo hiệp định. Giấy chứng nhận xuất xứ phải đúng mẫu và còn trong thời hạn nếu bạn nộp sai mẫu là mất ưu đãi của cả lô hàng.
Bước 3: Khai và truyền tờ khai nhập khẩu
Tờ khai nhập được lập trên hệ thống với mã loại hình tương ứng mục đích nhập hàng: nhập để bán lại, nhập nguyên liệu để sản xuất, hay tạm nhập tái xuất. Chọn sai mã loại hình dẫn tới sai chính sách thuế, và phần lớn trường hợp phải huỷ tờ khai để khai lại.
Hệ thống trả về số tờ khai, số thuế phải nộp và mức kiểm tra ngay sau khi tiếp nhận. Các chỉ tiêu trên tờ khai và bảng mã loại hình nằm ở bài tờ khai hải quan; trường hợp buộc phải bỏ tờ khai đã đăng ký nằm ở bài huỷ tờ khai hải quan.
Bước 4: Nộp thuế và hoàn tất kiểm tra
Thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng phải nộp trước khi hàng được thông quan, trừ trường hợp được bảo lãnh hoặc thuộc diện chưa phải nộp ngay. Nộp qua ngân hàng có kết nối với hệ thống hải quan thì thông tin cập nhật trong vài phút.
Nếu lô hàng bị kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế, đây là bước tốn thời gian nhất. Hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành phải có kết quả kiểm tra đạt trước khi thông quan, và khoảng thời gian này phụ thuộc cơ quan chuyên ngành chứ không phụ thuộc hải quan.
Bước 5: Thanh lý tờ khai và nhận hàng tại cảng
Sau khi thông quan, doanh nghiệp thanh lý tờ khai với cơ quan giám sát, xuất trình lệnh giao hàng cho cảng hoặc kho, rồi đưa hàng về. Với hàng container, phải tính trước thời hạn miễn phí lưu container để không phát sinh phí lưu.
Hồ sơ của lô hàng phải được lưu giữ có hệ thống sau khi nhận hàng, vì đây là căn cứ duy nhất để giải trình nếu lô hàng bị kiểm tra sau thông quan.
Địa điểm làm thủ tục hải quan và nhóm hàng phải làm tại cửa khẩu nhập
Địa điểm làm thủ tục hải quan không phải muốn chọn đâu cũng được. Nguyên tắc chung là làm tại đơn vị hải quan quản lý nơi hàng đến hoặc nơi hàng được tập kết, và Nghị định 167/2025/NĐ-CP được ban hành 30/6/2025, hiệu lực 15/8/2025 bổ sung quy định cụ thể cho hàng qua bưu chính và chuyển phát nhanh.
Với hàng nhập khẩu còn có một danh mục hàng bắt buộc làm thủ tục ngay tại cửa khẩu nhập, không được đưa về địa điểm khác để làm. Danh mục này vừa được thay: Quyết định 31/2026/QĐ-TTg ký ngày 29/6/2026, hiệu lực từ 14/8/2026, thay thế Quyết định 23/2019/QĐ-TTg.
| Nhóm hàng phải làm thủ tục tại cửa khẩu nhập | Ghi chú |
| Thuốc lá, xì gà và sản phẩm khác từ lá thuốc lá | Gồm cả loại để hút, hít, nhai, ngậm |
| Rượu | Mọi loại |
| Bia sản xuất từ malt | |
| Xe ô tô chở người dưới 16 chỗ | Nhóm nhiều doanh nghiệp nhập nhất trong danh mục |
| Tàu bay, du thuyền | |
| Xăng dầu các loại | |
| Máy điều hoà công suất từ 90.000 BTU trở xuống | Nhóm dễ bị bỏ sót nhất, vì trước đây làm thủ tục ở nội địa được |
| Bài lá, vàng mã | |
| Tiền chất thuốc nổ và vật liệu nổ công nghiệp | Theo danh mục Bộ Công Thương công bố |
| Hàng ảnh hưởng tới quốc phòng, an ninh | Theo danh mục Chính phủ công bố |
| Hàng từ quốc gia, vùng lãnh thổ có cảnh báo dịch bệnh | Theo thông báo của Bộ Nông nghiệp và Môi trường |
Lưu ý : nếu mặt hàng nằm trong danh mục trên, phương án đưa hàng về kho nội địa rồi mới làm thủ tục là không còn khả thi, và chi phí cùng thời gian phải tính lại theo phương án làm tại cửa khẩu. Cách phân nhóm chi tiết nằm trong chính Quyết định 31/2026/QĐ-TTg tra cứu văn bản trước khi lập phương án cho lô hàng đầu tiên, đừng suy từ bảng tóm tắt.
Hàng chưa cần thông quan ngay có thể gửi vào kho ngoại quan chờ đi tiếp, và hàng nằm trong kho ngoại quan chưa được coi là đã nhập khẩu vào Việt Nam. Cơ chế này nằm ở bài kho ngoại quan là gì.
Thuế, phí và thời gian thông quan mất bao lâu?
Một lô hàng nhập khẩu thường chịu hai loại thuế bắt buộc là thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng, cộng thêm thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc thuế bảo vệ môi trường nếu thuộc diện. Hàng xuất khẩu phần lớn có thuế suất 0%.
Cách giảm thuế nhập khẩu hợp pháp và hiệu quả nhất là dùng ưu đãi theo hiệp định thương mại: nếu hàng có xuất xứ từ nước Việt Nam đã ký hiệp định, và doanh nghiệp có giấy chứng nhận xuất xứ đúng mẫu còn hạn, thuế suất áp dụng có thể thấp hơn hẳn thuế suất thông thường. Điều kiện là chứng từ phải chuẩn từ đầu, xin bổ sung sau khi hàng đã thông quan là rất khó.
Ngoài thuế còn có lệ phí hải quan cho mỗi tờ khai, phí của hãng vận chuyển, phí cảng, và phí lưu container nếu lấy hàng chậm. Khoản dễ vượt dự toán nhất là phí lưu bãi và lưu container, vì nó phát sinh theo ngày và tăng nhanh khi lô hàng bị kiểm tra.
Về thời gian: lô hàng luồng xanh có thể thông quan trong vài giờ; luồng vàng thường mất thêm một tới hai ngày làm việc để cơ quan hải quan kiểm hồ sơ; luồng đỏ tốn nhiều nhất vì phải chờ xếp lịch kiểm tra thực tế. Hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành thì thời gian phụ thuộc cơ quan chuyên ngành. Mọi con số thời gian ở đây là ước lượng theo mức kiểm tra, không phải cam kết, thực tế thay đổi theo cửa khẩu và theo mùa cao điểm.
Những sai lầm khiến hàng bị giữ tại hải quan
Tám lỗi dưới đây chiếm phần lớn các trường hợp hàng nằm chờ ở cảng. Điểm chung của cả tám: đều phát sinh trước khi truyền tờ khai, và đều rẻ hơn nhiều nếu xử lý ở giai đoạn chuẩn bị.
| Sai lầm | Hậu quả | Phòng bằng cách nào |
| Khai sai mã HS | Sai thuế suất, bị truy thu kèm tiền chậm nộp | Đối chiếu chú giải chương và nhóm, không dựa vào tên hàng trên hoá đơn |
| Khai thấp trị giá tính thuế | Bị tham vấn giá, ấn định thuế, ghi vào lịch sử tuân thủ | Cộng đủ cước và bảo hiểm theo đúng điều kiện giao hàng |
| Chứng từ không đồng nhất | Bị chuyển mức kiểm tra cao hơn, phải giải trình | Đối chiếu tên hàng, số lượng, số kiện giữa cả ba chứng từ trước khi khai |
| Không kiểm tra chính sách mặt hàng trước | Hàng về rồi mới biết cần giấy phép, nằm chờ vô thời hạn | Tra chính sách từ mã HS trước khi ký hợp đồng |
| Nộp giấy chứng nhận xuất xứ sai mẫu hoặc quá hạn | Mất toàn bộ ưu đãi thuế của lô hàng | Xác nhận đúng mẫu với người bán ngay khi đặt hàng |
| Truyền tờ khai quá muộn | Trễ mốc 4 giờ với hàng xuất, hoặc quá 30 ngày với hàng nhập, có thể bị xử phạt | Đặt mốc nội bộ sớm hơn mốc luật ít nhất một ngày làm việc |
| Không đăng ký kiểm tra chuyên ngành trước | Hàng nằm chờ dù tờ khai đã sạch | Đăng ký song song với việc truyền tờ khai |
| Chọn sai mã loại hình | Sai chính sách thuế, phần lớn phải huỷ tờ khai khai lại | Xác định mã loại hình từ giai đoạn đàm phán hợp đồng |
Bảy trong tám lỗi trên đều bắt đầu từ cùng một việc bị làm muộn: tra mã HS và chính sách mặt hàng. Làm việc đó trước khi ký hợp đồng thì bảy lỗi kia gần như không xảy ra. Các lỗi ở tầng nghiệp vụ chi tiết nằm ở bài sai lầm thủ tục hải quan.
Nên thuê dịch vụ khi lô hàng có ít nhất một trong ba yếu tố: mặt hàng nhập lần đầu và chưa chắc mã HS, hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành, hoặc hàng nằm trong danh mục phải làm thủ tục tại cửa khẩu nhập. Ba trường hợp này có xác suất phát sinh cao, và chi phí phát sinh thường lớn hơn phí dịch vụ.
Blue Sea Logistics làm thủ tục hải quan tại các cửa khẩu chính ở TP.HCM, Hà Nội và Hải Phòng, kèm vận chuyển đường biển và vận chuyển hàng không nếu cần trọn gói. Xem phạm vi công việc tại trang dịch vụ hải quan, hoặc gọi 0902 972 959 để trao đổi về lô hàng cụ thể.
Câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp mới thành lập có xuất nhập khẩu được ngay không?
Được, vì doanh nghiệp có mã số thuế là có quyền xuất nhập khẩu với hàng không thuộc diện phải có giấy phép. Việc cần làm thêm là đăng ký chữ ký số và tài khoản trên hệ thống khai báo. Riêng mặt hàng thuộc diện quản lý chuyên ngành thì phải có giấy phép hoặc đáp ứng điều kiện tương ứng trước khi nhập.
Doanh nghiệp tự làm thủ tục hải quan được không?
Được về pháp lý. Về thực tế, hai chỗ khó nhất là áp mã HS và xác định trị giá hải quan, cả hai đòi hỏi kinh nghiệm đọc chứng từ. Với vài lô đầu, chi phí thuê dịch vụ thường thấp hơn chi phí phát sinh khi khai sai.
Thông quan rồi có còn bị kiểm tra nữa không?
Còn. Cơ quan hải quan có quyền kiểm tra sau thông quan, và thời hạn kiểm tra sẽ được kéo dài tối đa 40 ngày theo Luật Hải quan sửa đổi năm 2026 có hiệu lực từ 01/3/2027. Vì vậy hồ sơ của mỗi lô hàng phải lưu giữ có hệ thống, không phải xong hàng là bỏ.
Hàng bị luồng đỏ thì mất bao lâu?
Không có con số cố định, vì phụ thuộc lịch kiểm tra của cơ quan hải quan tại cửa khẩu đó và loại hàng phải kiểm. Việc doanh nghiệp làm được là chuẩn bị sẵn hồ sơ và cử người có thẩm quyền phối hợp ngay khi có kết quả phân luồng, để không mất thêm ngày chờ hai bên liên hệ nhau.
Giấy chứng nhận xuất xứ có bắt buộc cho mọi lô hàng không?
Không bắt buộc để thông quan. Nó chỉ cần khi doanh nghiệp muốn hưởng thuế suất ưu đãi theo hiệp định thương mại. Không có thì lô hàng vẫn thông quan bình thường với thuế suất thông thường.
Nhập hàng mẫu và quà biếu có phải làm thủ tục không?
Phải. Hàng phi mậu dịch vẫn phải khai và vẫn có thể bị kiểm tra thực tế. Thủ tục gọn hơn hàng thương mại, nhưng hàng mẫu có giá trị lớn hoặc số lượng nhiều thì bị xem xét lại về bản chất giao dịch.
